JR西日暮里駅の改札は一か所で、山手線線路の外側にある。千代田線乗換口などだと混乱も生じるためJR改札での待ち合わせが安全。
ホームから階段を下りてくると中央通路があり、東京メトロ千代田線乗換口につながる下りのエスカレーター・階段もある。乗換口待ち合わせだと、このエスカレーター・階段の上と勘違いしてしまう人もいるので、避けたほうが安全かもしれない。
改札口はそれほど広くはなく、外に向かって右手のほうは柵になっているので、そこでの待ち合わせが通行の邪魔にもならずわかりやすそう。日暮里・舎人ライナーに乗り換える場合は、改札を出て右手方向に進む。